디지털청은 11월 4일, iPhone에서 마이넘버카드를 이용할 수 있는 "iPhone의 마이넘버카드"가 시스템 장애에서 복구되어 정상적으로 신청할 수 있게 되었다고 발표했다. 이 시스템은 10월 30일 아침부터 신규 발급 신청이 완료되지 않는 상황이었다. 장애는 30일 오전 8시 50분경 발생했으며, 시작은 가능하나 완료되지 않는 상태였다.
디지털청은 당일 오후 10시경 신규 발급 신청 접수를 중단하고 시스템을 유지보수 모드로 전환했다. 안드로이드(Android) 기기에서도 유사한 장애가 발생하여 관련성이 논의되었다. 4일 기자회견에서 마츠모토 대장은 원인이 조사 중이지만 "사용자와 iPhone 간의 연결 부분이 가장 의심된다는 보고를 받았다"고 밝혔다.
안드로이드 시스템 장애와의 관련성에 대해 "동시기에 장애가 발생했으므로 디지털청이 관련된 부분에서 문제가 발생했을 가능성을 고려하는 것이 일반적이지만, 특별한 관련이 없는 것으로 확인했다"고 말했다. 마츠모토 대장은 영향을 받은 사용자에게 사과하며 "장애 발생 전 1주일 동안 2만 5천명이 iPhone의 마이넘버카드를 신청했다. 이 장애가 방해가 되지 않도록 알리겠다"고 전했다.
장애 발생 중 신규 발급 신청을 한 사람은 원칙적으로 월렛 앱에서 가발급된 마이넘버카드를 삭제하고 다시 신청해야 한다. 그러나 일부는 11월 1일까지 발급 처리가 완료되어 사용할 수 있는 경우도 있다. 디지털청은 확인 및 조작 절차에 대한 자세한 설명을 공개했다. iPhone의 마이넘버카드는 마이나포털 앱을 통해 Apple 월렛에 카드 정보를 추가하여 Face ID나 Touch ID와 같은 생체 인증으로 마이넘버카드 기능을 사용할 수 있도록 하는 것으로, 올해 6월에 제공을 시작했다.